公司扣税不缴税会给员工和公司双方带来法律风险。
1. 员工信用记录受损风险：例如，小李所在公司扣税未缴税，税务系统显示小李“未缴纳个人所得税”，导致小李申请房贷时因信用问题被银行拒绝，后续需花费大量时间向税务机关证明是公司责任，还可能产生滞纳金。
2. 公司面临高额罚款风险：例如，某公司截留10名员工共5万元税款未上缴，税务机关查实后，除要求补缴5万元税款外，还处以应缴税款1倍的罚款（5万元），并加收滞纳金，公司累计损失超10万元。
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公司扣税不缴税的违法行为有明确的法律依据支撑。
根据《中华人民共和国个人所得税法（2018年修正）》第九条规定：“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。” 公司作为支付工资的单位，是法定的扣缴义务人，必须依法代扣员工的个人所得税并上缴税务机关。本案中，公司扣税钱不缴税的行为，直接违反了该条规定的扣缴义务，属于“应扣未扣、应收未收税款”的违法行为。依据税法，税务机关有权责令公司限期补缴税款，并处以应扣未缴税款百分之五十以上三倍以下的罚款；同时，员工若因公司未缴税面临信用影响或补缴责任，可向公司追偿。
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员工在面对公司扣税不缴税时，易出现以下错误操作。
1. 忽视证据收集：仅口头质疑公司未缴税，未保存工资条、纳税记录等书面证据，导致举报或投诉时缺乏关键依据，无法证明公司扣税事实。
2. 直接与公司发生冲突：未经核实便与公司争吵或旷工抗议，不仅无法解决问题，还可能因违反公司规章制度被处罚，反而处于被动地位。
3. 超过追诉时效才维权：税务违法行为的追诉时效为5年，若员工多年后才发现公司未缴税，可能因超过时效导致税务机关无法追责，自身权益无法保障。

建议您及时向律师咨询，避免因错误操作错失维权时机。
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公司扣税不缴税的处理可能因特殊情况而有所不同。
1. 公司因系统故障或操作失误导致未缴税：例如，公司财务人员在申报时误填数据，导致税款未成功上缴。若公司在发现后及时补缴税款及滞纳金，并向税务机关说明情况，可能被减轻或免除罚款；但仍需向员工出具情况说明，消除对员工信用的影响。
2. 员工与公司存在劳动争议导致公司故意扣税不缴税：例如，员工小张因离职补偿与公司产生纠纷，公司为报复故意截留小张的扣税金额未上缴。这种情况下，公司的主观恶意明显，税务机关会加重处罚，员工还可同时向劳动仲裁委申请仲裁，主张离职补偿及税务问题的赔偿。
3. 税务机关已过追诉时效：若公司扣税不缴税的行为发生已超过5年，且期间未再发生同类违法行为，税务机关可能不再追究公司的行政责任，但员工仍可向公司主张赔偿因未缴税造成的个人损失（如信用受损的间接损失）。

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