您询问工资12000元但社保基数5000元是否合法，需结合您上年度月均工资及当地社保缴费基数上下限综合判断。具体分析如下：
若您上年度月均工资确为12000元，且该工资在当地社保基数上下限范围内（高于下限、低于上限），按5000元缴纳社保不合法，因社保基数应以本人上年度月均工资确定。
若您上年度月均工资为12000元，但当地社保基数上限低于12000元，此时社保基数最高按当地上限缴纳。若5000元等于或高于该上限，则合法；若低于上限，则不合法（通常12000元工资对应的当地上限会高于5000元）。
若您是新入职职工，无上年月均工资参考时，社保基数可能按首月工资或劳动合同约定工资确定。若劳动合同约定月工资为5000元且真实有效，初始阶段按5000元缴纳有一定依据，但后续需按实际工资调整（若实际工资与约定不符且达到调整条件）。
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处理工资12000元社保基数5000元的问题时，以下特殊情形可能影响结果：
1. 当地社保基数上限低于12000元：若您所在地区上年度职工月均工资的300%（即社保基数上限）低于12000元，社保基数最高按当地上限缴纳。此时，若5000元等于或高于该上限则合法；若低于上限，即使工资12000元，按5000元缴纳仍不合法。关键在于确定当地社保基数上限的具体金额。
2. 新入职或工资变动大的情形：新入职职工无上年月均工资时，社保基数通常按首月工资或劳动合同约定工资确定。若入职时劳动合同约定5000元且实际发放一致，初始阶段按5000元缴纳合理；但工资调整至12000元后，用人单位应及时调整社保基数，否则违规。
3. 部分地区特殊政策：少数地区对小微企业、灵活就业集中行业等可能出台阶段性社保缴费优惠政策，若5000元基数符合当地特殊政策且用人单位能提供依据，则合法，否则仍需按实际工资缴纳。
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面对工资12000元社保基数5000元的问题，常见错误操作及正确处理方式如下：
1. 忽视问题不处理：部分职工认为社保基数影响不大，或担心维权影响关系，对问题置之不理。但社保基数直接影响养老金、医保报销等待遇，长期低基数缴纳会导致未来待遇大幅降低，损害自身利益。
2. 仅口头沟通无书面证据：发现问题后仅口头沟通，未要求书面说明或保存记录。若用人单位事后否认或拖延，职工因缺乏证据难以维权，无法证明未按实际工资缴纳社保。
3. 直接冲突激化矛盾：情绪激动与用人单位争吵甚至冲突，易激化矛盾，导致用人单位更不配合，维权之路受阻。理性沟通、合法维权才是正确方式。
若您已出现上述错误操作或不知如何正确维权，欢迎随时咨询我，我会为您提供针对性的法律解答和帮助。
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关于工资12000元社保基数5000元是否合法，可依据《中华人民共和国社会保险法》（2018年修正）第十二条分析：
该条款明确规定：“用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，记入基本养老保险统筹基金。职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费，记入个人账户。”
此处“本人工资”通常指职工上一年度月平均工资。若您12000元为上年度月均工资，且在当地社保基数上下限范围内（既不低于下限也不高于上限），用人单位应按12000元缴纳社保。现按5000元缴纳明显低于实际工资，与法律规定的“以本人工资为缴费基数”要求相悖，因此不合法。

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