关于您在公司上班时公司未缴纳社保、您自行按灵活就业缴纳后能否索赔的问题，答案是可以主张公司补偿其应承担的社保费用。您可以向公司索赔其应承担的社保费用部分。1.若存在劳动关系且公司未依法缴纳社保：您自行以灵活就业身份缴纳社保后，有权要求公司支付其本应承担的养老保险、医疗保险等费用份额，因为公司作为用人单位负有法定缴纳义务。2.若您与公司就社保缴纳有特殊约定（如公司已支付社保补贴）：需结合约定内容判断，若约定违反法律强制性规定（如约定公司不缴社保仅发补贴），该约定无效，您仍可索赔；若约定合法且您已实际领取补贴，可能需扣除已得金额后主张剩余部分。
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针对您在公司上班时公司未缴纳社保、您自行按灵活就业缴纳后索赔的问题，我们分析了可能影响处理的特殊情况：1.公司已支付社保补贴：若公司每月向您支付了社保补贴（如在工资中单独列出“社保补贴”项），且您已实际领取，此时您主张索赔时，公司可能要求扣除已支付的补贴金额。例如，公司每月支付500元社保补贴，您自行缴纳社保的单位部分为600元，那么您可能只能主张100元的差额补偿。2.公司因破产清算无法支付：若公司进入破产清算程序，您的社保索赔将作为普通债权参与破产财产分配，可能无法全额获得补偿。例如，公司破产后仅有少量财产可供分配，您的索赔金额可能按比例受偿，甚至无法获得任何补偿。3.您与公司存在其他特殊约定：若您与公司约定以灵活就业身份缴纳社保，公司给予一定补偿，且该约定不违反法律强制性规定，您的索赔请求可能会受到限制。例如，双方约定公司每月支付800元补偿，您自行缴纳社保，此时您可能无法再主张额外的社保费用补偿。
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针对您在公司上班时公司未缴纳社保、您自行按灵活就业缴纳后索赔的问题，我们分析了可能出现的法律风险点：1.诉讼时效风险：根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从您知道或应当知道公司未缴纳社保之日起计算。例如，您2022年1月发现公司未缴纳2021年的社保，但直到2023年2月才申请仲裁，此时已超过一年时效，仲裁机构可能不予受理，您将无法通过仲裁主张索赔。2.证据链不完整风险：若您仅能提供社保缴纳记录，无法证明与公司存在劳动关系（如无劳动合同、工资条），公司可能否认劳动关系，导致您的索赔请求无法得到支持。例如，您仅提交了灵活就业社保缴费单，但无法证明您在公司上班的事实，仲裁或法院可能因证据不足驳回您的请求。
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针对您在公司上班时公司未缴纳社保、您自行按灵活就业缴纳后索赔的问题，我们总结了常见的错误操作行为：1.未及时收集劳动关系证据：部分劳动者因未保存劳动合同、工资条等证据，导致无法证明与公司存在劳动关系，进而无法主张社保索赔，因为劳动关系是公司承担社保义务的前提。2.与公司签订放弃社保的协议：若您与公司签订了自愿放弃社保的协议，该协议因违反法律强制性规定而无效，但可能会被公司作为抗辩理由，增加维权难度，甚至需通过诉讼才能确认协议无效。3.超过诉讼时效维权：劳动争议申请仲裁的时效为一年，若您知道公司未缴纳社保后超过一年才主张索赔，可能会因时效届满而丧失胜诉权，无法获得应有的补偿。建议您进一步向专业律师咨询，避免因错误操作影响维权结果。

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